对于因分期履行的借款合同而生的债权，其诉讼时效应按每一期的期限届满日分别起算还是从最后一期届满后起算，存在争议、
一种意见认为，根据《民法通则》第137条的规定，诉讼时效期间应从权利人知道或应当知道自己的权利受到侵害之日起开始计算，故对于约定分期偿还的借款合同，应从每一次的偿还期限届满之日分别开始计算诉讼时效期间。
另一种意见认为，对于同一笔完整的借款，虽然规定了不同的偿还日期，但诉讼时效期间仍应从最后的偿还日期开始计算，否则将一个完整的法律关系割裂开来，不利于保护债权人的权利。
从理论上讲，分期履行的债权，分为定期给付债权与分期给付债权，前者为数个各自独立的债权，在一定期间内反复继续的发生而为给付，如租赁合同中按期收取租金的债权;后者为一个独立的债权，分数期而为给付，如按期还款的借款合同、分期付款的买卖合同。对于定期给付债权，由于其是因租赁、承包等连续性合同而产生的债权，债权是一再发生的，经过每一确定期间即产生一新的债权，数个债权之间是独立的，所以对该债权的请求权的时效期间，自各该债权履行期限届满之次日起分别计算。合同未到期而终止的，仅发生对已经过的期间的费用的请求权，违约人可能会承担，但不必支付未经过期间的费用：而对于分期给付的债权，在约定分期付款的借款、买卖等继续性合同中，尽管合同约定的是分期履行，但债权是确定不变的，其义务内容是作为一个整体构成了相对人的权利内容，权利人基于该合同所享有的权利同样也是一个整体的合同权利，其主张合同权利也是对整体权利的主张，每一确定时间的经过即发生债权数额的减少，所以，对该债权的请求权的诉讼时效期间，应自债务履行期限全部届满后次日起起算。合同未到期而终止的，债务人应清偿所有未支付的债务。也有学者对此提出质疑，认为由于分期给付债权的标的虽然是一个，但标的物是可分的，所以分期给付债权虽然基于同一合同所约定的债权是一个整体，但在合同约定分期履行的情况下，实际是将整体的债权分为若于个数额、履行期限，甚至是法律后果互不相同的、相对独立的债权。债务人应当在各相对独立的债务的履行期限届满时履行义务，否则构成违约，亦即构成对债权人相对独立的这部分合同权利的侵犯。根据《民法通则》关于诉讼时效自知道或应当知道权利被侵害时计算的规定，应按每笔相对独立的债权履行期限届满时分别起算。
笔者认为，根据最高人民法院2004年4月6日，针对云南高院的批复法函〔2004〕22号《关于分期履行合同诉讼时效期间应如何计算问题的答复》：对于分期履行合同的每一期债务发生争议的，诉讼时效期间自该笔债务履行期间届满之日的次日起算。因此，应当认定在借款合同约定分期履行的情况下，实际是将整体的债权分为若干个数额、履行期限，甚至是法律后果互不相同的、相对独立的债权。根据《民法通则》关于诉讼时效自知道或应当知道权利被侵害时计算的规定，应从每笔相对独立的债权履行期限届满时分别起算。尽管该批复是针对云南高院《关于继续性租金债权的诉讼时效期间如何计算的请示》作出的，但对于分期履行的借款合同诉讼时效的起算仍然适用。
另外，在对诉讼时效的起算存在分歧的情况下，还应当从保护的角度考虑诉讼时效期间的起算问题，尤其对金融债权的保护更应如此。
二、未定履行期限借款合同的诉讼时效起算
根据《合同法》第62条第(四)项的规定：“履行期限不明确的，债务人可以随时履行，债权人也可以随时要求履行，但应当给对方必要的准备时间”。因此，没有约定履行期限或履行期限不明确的借款合同，债务人可以随时履行，诉讼时效从债权人催告后、必要的债务履行准备期届满之次日起起算，但自债的关系成立时起超过20年，不予保护。因此，对于未定履行期限借款合同的诉讼时效起算应从债权人主张权利而债务人拒不履行义务时开始计算，或者自债权人要求债务人履行债务的宽限期结束的次日开始计算。
也有的观点采用了国际上通行的“权利能够行使说”，认为无履行期限或履行期限不明确的合同，诉讼时效应从权利能够行使时开始计算，除法律另有规定者外，债权成立的时间同时也就是债权可以行使且应当行使的开始时间。持“权利能够行使说”观点者还认为从合同生效之日开始计算诉讼时效更能体现时效制度的价值，防止债权人长期不向债务人主张权利，因为按照我们现行的起算方法，只要债权人一直未向债务人主张权利，诉讼时效就一直不起算，在20年的最长诉讼时效期间内，债权人起诉的，都将得到保护;但如果债权人主张曾给债务人以催告，债务人收到催告的，时效期间从催告的履行准备期届满时起起算两年的普通诉讼时效期间。也就是说，行使催告权的债权人，只能在两年的时效期间内受保护。而对权利放任自流、不管不顾的人，却要在20年的时效期间内受保护。这一结果与时效制度关于“权利上的睡眠者，不值得保护”的立法理由相悖。
笔者认为，虽然诉讼时效的设立目的在于督促权利人积极行使权利，但在现有法律框架下，诉讼时效的起算还是应当从债务人拒绝履行债务或在宽限期满未履行时起算，因为只有此时债权人才有理由知道其权利受到侵害，也更有利于保护债权人的利益。
三、无效借款合同的诉讼时效起算
关于申请确认合同无效的诉讼时效问题，一般认为，合同无效是法律对合同效力所作的强制性、否定性的评价，无论当事人是否实际履行合同，只要具备无效情形，合同便是自始、当然、确定的无效，该无效并不因时间的经过而变为有效。因此，申请确认合同无效应不受诉讼时效的限制，当事人均可以于任何时间申请确认合同无效。
合同无效，其法律后果是恢复到合同签订前的状态，接受给付的一方当事人占有财产因合同无效而失去了继续占有财产的权利基础，所以基于合同无效产生的返还财产请求权属于物权请求权，赔偿损失的请求权属于之债范畴的债权请求权，对于物权请求权是否适用诉讼时效存在争议，但赔偿损失请求权无疑应受诉讼时效的约束。关于无效合同诉讼时效期间的起算点问题，现行法律、司法解释尚没有相应的规定，理论界争议很大，审判实践中各地法院掌握的标准也不尽相同。大致有三种观点：
(一)诉讼时效应从受领给付之时的次日开始计算
因为当事人接受给付之时，合同就是无效的(尽管这尚未得到法院的确认)，也就是说，当事人接受给付无法律根据，构成不当得利，合同无效的赔偿损失请求权于此时便已成立，诉讼时效自应从此时计算。
(二)诉讼时效应从合同被确认无效之日起算
此种观点认为，合同无效是自始无效，但这仅仅是就合同的实质效果而言的。合同只有被法院或仲裁机构确认无效，其在法律效果上才被视为从订立时即没有任何法律效力。其次，有些场合，当事人一方乃至双方确实不知道合同存在着无效的原因，自然也就不知道不当得利返还义务的产生，给付的当事人不知道也不应当知道其债权受到侵害。于此场合，诉讼时效期间起算的事由不出现，自然谈不上时效期间的起算问题。再次，有的情况下，为给付的当事人即使马上知道合同存有无效原因，但他仍然愿意履行，表示将来也不主张不当得利返还请求权，自然也就无诉讼时效期间的起算问题。正是基于以上原因，许多学者认为无效合同的诉讼时效期间应从合同被确认无效之日起计算。该观点的不足之处在于，如果合同在履行期间届满后很长时间才被确认无效，履行合同一方当事人将受到更多损害，其要求赔偿的损失(消极利益)将可能大于合同有效时取得的利益(积极利益)。
(三)无效合同的诉讼时效应从合同约定的履行期间届满之日起算
当事人在其自认为合同有效的情况下基于真实、自愿的意思表示而签订和履行合同，无论合同是否有效，合同当事人对其合同约定权利的实现期限均有其明确、合理的预期。一方当事人不履行到期义务时，另一方当事人应当知道其权利(不论该权利是基于有效合同而产生的债权还是基于无效合同而产生的不当得利返还请求权)受到侵害，当事人所享有的债权的诉讼时效应当开始计算。如果以合同签订之日或接受给付之日作为诉讼时效的起算点，则会导致合同履行期届满，而诉讼时效已超过的局面，显然不利于保护当事人对合同的合理预期。另一方面，以合同履行期届满作为赔偿损失请求权诉讼时效的起算点可以与合同有效情形下合同之债的诉讼时效相衔接，并且符合当事人合同无效时所得利益不得大于合同有效时的原则。最高人民法院(2003)民二终字第38号民事判决采纳了该种观点。笔者倾向于按最高人民法院的判决确定的指导原则进行处理。
同时，在处理无效合同诉讼时效起算点问题时应当注意以下两个问题：(1)最高人民法院 (2003)民二终字第38号民事判决适用的前提是，无效合同一方当事人不履行合同，而这种情况下，基于合同无效产生的不当得利返还请求权和合同有效时的合同权利在实体上有利益重合之处，也就是说，合同履行期间届满之时，无论合同是否有效，债权人都已享有债权请求权，且该请求权已经具备了行使的条件。最高人民法院认为无效合同的诉讼时效期间应当从合同约定的履行期间届满之日，其理由在于保护当事人对合同的合理预期，合同虽然无效，但在债务人不履行合同约定的义务的情况下，债权人应当积极行使权利，使诉讼时效制度发挥其应有的作用。由于该案不涉及合同履行后当事人又请求确认合同无效并请求返还财产等其他情形，所以，本案的判决理由仅对于债务人不履行合同情况下，无效合同诉讼时效期间的起算具有重要的借鉴意义。(2)如果当事人在合同履行期间届满前请求法院或仲裁机构确认合同无效，并未提出赔偿损失的请求，那么诉讼时效是否还应当从合同履行期间届满时起算呢?笔者认为，合同已经被确认无效时，当事人请求赔偿损失的权利的诉讼时效应当从合同被确认无效时起算。因为合同的效力由法院或仲裁机构来界定，所以在合同尚未被确认无效之前，当事人往往不能预期到合同无效的后果，从而对合同的履行有合理的预期。但是，一旦合同被确认无效，债权人不当得利返还请求权就具备了行使条件，债权人再以合同约定的履行期间未届满为由提出诉讼时效期间未超过的，不予支持。
四、诉讼时效期间届满后债权的保护
根据《民法通则》的规定，当事人向人民法院要求保护其的诉讼时效期间为两年，法律另有规定的除外。通说认为，诉讼时效期间届满，又无时效中断、中止或延长的情形时，债权人就丧失了胜诉权，法院不能判决其支持其诉讼请求：但是，最高人民法院分别在1997年和1999年发布了两个司法解释，对于特定情形下超过诉讼时效期间的债权给予法律保护：其一是超过诉讼时效期间当事人达成还款协议时，债权仍受法律保护(法复〔1997〕4号)。理由是当事人在债权超过诉讼时效期间后就原债务达成的还款协议属于新的债权、债务关系，我们认为该理由难以令人信服，新达成的还款协议，无论是合同主体及客体，均与前份合同没有区别，只是还款期限上有所变动，所以很难说形成了新的权利义务关系，也正因为如此，该司法解释在正式发布时没有明确“新的债权、债务关系”的理由;其二是超过诉讼时效期间借款人在催款通知单上签字或者盖章，债权仍受法律保护(法释〔1999〕7号)，理由是债务人在该通知单上签字或者盖章视为对原债务的重新确认。对于上述两个司法解释中涉及的时效期间届满后债权仍受法律保护的情形，可解释为债务人放弃时效利益的情形：首先，诉讼时效届满，债务人对债权人的请求取得抗辩权，享有时效利益，如要恢复债权的强制力，只有债务人放弃时效利益;其次，将上述两种情形解释为“新的债权、债务关系”，理论上难以自圆其说。抛弃时效利益，是债务人及其他对时效完成所生利益有处分权的人放弃其已经取得的针对债权请求权的抗辩权的法律行为，属单独行为、处分行为，一旦表示抛弃其时效利益，即生效力。抛弃时效利益，可以采用明示或者默示方式，且无须受益人接受。一般来讲，抛弃时效利益包括三种形式：一是向债权人作出抛弃时效利益的意思表示，二是向债权人提供担保，三是实际履行债务。《民法通则若干问题的意见》第171条规定，过了诉讼时效期间，义务人履行义务后，又以超过诉讼时效为由翻悔的，不予支持，即是对于第三种形式的确认。而上述两个司法解释，则是针对具体情形对第一种抛弃时效利益形式作出的确认。
